En matière judiciaire, le tribunal de commerce est compétent depuis le décret d'août 1790 pour tout litige entre commerçants et associés d'une société commerciale, ainsi que pour tout différent relatif à des actes de commerce entre toutes personnes. Il gère les procédures consécutives à la cessation de paiement d'un commerçant et en prononce les jugements. La procédure de faillite est définie par le Code de commerce de 1807 (Livre IV), révisée par la loi du 28 mai 1838. Celle de la liquidation judiciaire est instaurée par la loi du 4 mars 1889. Moins contraignante et moins infamante que la faillite, la liquidation judiciaire est une procédure qui débute par la déclaration spontanée du commerçant de son incapacité à payer ses dettes et qui donne lieu à une vérification de sa bonne foi quant à ses problèmes financiers. Enfin, à partir de 1937, le tribunal de commerce est en charge de la procédure d'injonction visant à assurer le recouvrement des petites créances de nature commerciale.
Le greffier du tribunal de commerce remplit également des missions d'enregistrement et de contrôle administratifs des activités commerciales et de ceux qui en font profession (artisans, marchands, sociétés). L'article 42 du Code de commerce de 1807 stipule qu'un extrait des actes des sociétés en nom collectif et des sociétés en commandite doit être déposé auprès du greffe du tribunal de commerce afin d'être porté sur le registre et affiché dans l'auditoire du tribunal. Les lois des 23 mai 1863 et 24 juillet 1867 instaurent le dépôt d'une copie de tout acte (création, dissolution, modification) pour toute société.
Le Code de commerce (art. 67) impose aussi aux commerçants de déposer au greffe du tribunal de commerce un extrait de leur contrat de mariage sur lequel est précisé le régime matrimonial (communauté, séparation de biens, dotal), ainsi que toute modification qui y serait apportée. Le greffier est tenu d'exposer cet extrait pour informer les éventuels créanciers.
En l'absence de conseil de prud'hommes, l'ordonnance du 17 août 1825 autorise le dépôt au greffe commercial des dessins et modèles dont un fabricant souhaite conserver la propriété. Suite à la loi du 23 juin 1857, sont également déposées auprès de ce greffe les marques de fabrique et de commerce qui permettent à un commerçant de revendiquer l'utilisation exclusive d'un nom ou d'un emblème pour ses produits.
Le greffier du tribunal de commerce doit, en vertu de la loi du 17 mars 1909 et de son décret d'exécution du 28 août 1909, enregistrer les ventes et nantissements (mise en garantie pour paiement d'une dette) de fonds de commerce.
Enfin, le greffier est en charge de la tenue des registres du commerce (commerçants et sociétés commerciales) et des métiers (artisans), institués respectivement par les lois des 18 mars 1919 et 27 mars 1934. Ces registres portent immatriculation, inscription modificative et radiation des commerçants et des artisans.
Le tribunal de commerce se prononce sur les appels des jugements du conseil de prud'hommes du même ressort, attribution qu'il perd au profit du tribunal civil avec la loi du 15 juillet 1905.
Pour les litiges de petite importance (1000 livres selon le décret de 1790, 1500 francs selon la loi du 3 mars 1840), le tribunal de commerce juge en dernier ressort. Pour les autres affaires, l'appel est porté devant le tribunal de district, puis devant la cour d'appel à partir de 1800.